Carl Humman ve Alexander Conze yönetiminde 1878 yılında Bergama'da başlayan arkeolojik kazıların sonucunda, 1900-1913 yıllarında Akropol'de yapılan kazılar sırasında bugünkü Alman Kazı Evi yanında bir depo müzesi yapılmıştır. Bu depo o dönemde Türkiye'deki iki arkeolojik eser deposundan biridir. I. Dünya Savaşı nedeniyle ara verilen Bergama'daki kazılara 1927 yılında Theodor Wiegand başkanlığında yeniden başlanmıştır. Aynı yıl Akropol kazılarına ek olarak Asklepieion'da kazıların başlamasıyla birlikte eserler çoğalmış ve yeni bir müze binasına gereksinim duyulmuştur.

1932 yılında Bergama'ya gelen Mareşal Fevzi Çakmak konuyla yakından ilgilenmiş, ziyaretinden sonra yeni bir müze kurulması için emir vermiştir. Türk-Alman işbirliği ile gerçekleştirilmesi planlanan yeni yapı için eski bir mezarlık olan bugünkü yeri uygun görülmüştür. Mimarlar Bruno Meyer ve Harold Hanson tarafından planlanan proje 1932 yılı sonunda bitmiş, İzmir Valisi Kazım Dirik'in istemiyle 1933 yılında temel kazma çalışmalarına başlanmıştır. 13 Nisan 1934 tarihinde Bergama'ya ziyareti esnasında bir sağlık merkezi olan Asklepieion'u da gezen Mustafa Kemal Atatürk, müze binasının yapımının da devam ettiğini görmüştür.

       Yapımı tamamlanan Bergama Müzesi 30 Ekim 1936 tarihinde, İzmir Valisi Fazlı Güleç tarafından ziyarete açılmıştır. Müze binası, geniş ve etrafı galerilerle çevrili enlemesine yerleştirilmiş dikdörtgen bir avlu ile bu avlunun arkasında yine enlemesine yer alan dikdörtgen teşhir salonundan oluşmaktaydı. Avlunun galerileri açık hava müzesi için uygun olduğundan eserler burada sergilenmiştir.1924 yılında Bergama Halk Evi binasında Etnografya ve Arkeoloji Müzesi'nin faaliyete geçmesiyle birlikte arkeolojik eserler de yeni müze binasına taşınmıştır. Etnografik eserler ise, ek binanın yapımından sonra, 1979 yılında, bugünkü müze binası içine alınmıştır. Yapılan ek bina, avlu ve teşhir salonunun bulunduğu kısmın yanına enlemesine yerleştirilmiş dikdörtgen planda olup girişi avludan salona açılan bir kapı ile sağlanmaktadır. Müzenin boş bırakılmış olan diğer yanı ile arka kısmına da sonradan depo, laboratuvar, fotoğrafhane, arşiv gibi birimler eklenmiştir.

        Müze içinde cilalıtaş,bronz,arkaik, klasik, helenistik,roma ve bizans dönemlerine  ait buluntular sergilenmektedir.muzenin bahçe ve avlusunda ise lahitler, steller, sütün başlıkları, yazıtlar, arşıtrav parçaları, kabartma Ve heykeller görülmektedir.muzede sergilenin tüm bulgular kendine ve dönemine özgü değer taşımasına karşın bizce en önemli olanlan şöyle özetlenebilir:
a) Çevreden derlenmiş ve devşirilmiş buluntular: M.Ö. 2550-2000 yıllarına değgin seramik eşya (eski Tunç Dönemi). Pitane (Çandarlı) çanak çömlekleri (arkaik dönem). Mirina (Yeni Şakran) heykelleri (M.Ö. II-I yüzyıl). Akropol tunç heykelleri (M.Ö. II-I yy. Genç Hellenistik).
b) Ünlü kişilerin yontuları: Euripides'in portresi (M.Ö. 480-406). Sokrates'in portresi (M.O. 468410). Antistenes'in portresi (M.O. 444-368), Xenophoci un portresi (M.O. 430-354) Egeli düşünürler, Vespasianus'un başı (M.S. 69-79), Hadrianus yontusu (111-138), Karacalla'nın başı (211-218) Roma İmparatorları.
c) Turist çeken ilginç yapıtlar:
Nike yontusu : Trayan tapınağı çatı ve saçak süslemesi olarak ele geçmiştir. Nike, şans tanrıçasıdır.
Gülen Çocuk : Aşk ve güzellik tanrıçası Afrodit'in oğlu Aşk tanrısı Eros'tur.
Medusa Mozayığı : Mitosa göre Phoros ile Keto'nun Gorgon diye anılan üç kızından biri. Akıl ve Hikmet tanrıçası Athena, bu üç kızkardeşi kıskanmış, saçlarının her telini bir yılana çevirmiş, inanışa göre en ünlüsü Medusa olan bu üç kız kardeşe bakanlar taş kesilirmiş.